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Font partie intégrante de l’accord les six annexes suivantes :

​ANNEXE 1: 
Enumère les produits agricoles et produits agricoles transformés relevant des chapitres 25 à 97 du tarif douanier visés aux articles 7 et 14 de l’accord. Ces produits bénéficient des dispositions de réduction des droits de douanes à l’importation ou à l’exportation au même titre que les produits agricoles et les produits agricoles transformés relevant des chapitres 1 à 24 du tarif douanier. (Télécharger annexe 1)

​ANNEXE 2: 
Les produits industriels originaires de l’Algérie sont admis à l’importation dans la Communauté en exemption de droits de douane et taxes d’effet équivalent (article 8 de l’accord). 

La liste figurant dans l’annexe 2, concerne les produits industriels originaires de la Communauté visés à l’article 9.1 de l’accord d’association. Les droits de douane concernant ces produits sont supprimés à l’importation en Algérie, à partir du 1er septembre 2005,  date d’entrée en vigueur de l’accord. (Télécharger annexe 2)

ANNEXE 3:
Dresse la liste des produits industriels originaire de la Communauté  visés à l’article 9.2 de l’accord d’association. Les droits de douanes appliqués à ces produits à l’importation en Algérie seront éliminés progressivement, à partir de l’année 2007, jusqu’à  l’élimination complète et définitive en 2012 selon le calendrier figurant dans la partie concernant l’élimination tarifaire progressive des produits industriels. (Télécharger annexe 3)

​ANNEXE 4 :
Le tableau figurant dans cette annexe énumère les produits soumis au Droit Additionnel Provisoire (D.A.P), cité à l’article 17.4  de l’accord d’association. La date référence de ce droit est le 1er  janvier 2002, il  sera éliminé au plus tard le 1er janvier 2006.(Télécharger annexe 4)

​ANNEXE 5 :
Traite des modalités d’application de l’article 41.1/a et b de l’accord d’association, relatif à la concurrence et autres questions économiques entre l’Algérie et la Communauté.   

ANNEXE 6 :
Concerne la nécessité d’adhésion des deux parties aux conventions multilatérales garantissant une assurance adéquate à la protection de la propriété intellectuelle, conformément à l’article 44 de l’accord relatif à la protection de la propriété intellectuelle industrielle et commerciale.